תשובת הרב יואב אוריאל
שלום וברכה.
הסיבה להישארות הענקים היא משום שאזורי הפלשתים - ובתוכם עזה, גת ואשדוד, לא נכבשו על ידי ישראל בימי יהושע, אלא הם חלק מן 'הארץ הנשארת' המתוארת בפרק יג. בתחילת פרק יג הקב"ה אומר ליהושע שהואיל והוא זקן, יש להפסיק מכיבוש הארץ ולחלק אותה אף שאיזורים מסויימים טרם נכבשו. בתוך אזורים אלה לא נכבשו ממילא גם הענקים.
כיבוש ערי פלשתים הושלם מעט לאחר מות יהושע על ידי שבט יהודה, כפי האמור בתחילת ספר שופטים (א, יח): "וַיִּלְכֹּד יְהוּדָה אֶת עַזָּה וְאֶת גְּבוּלָהּ וְאֶת אַשְׁקְלוֹן וְאֶת גְּבוּלָהּ וְאֶת עֶקְרוֹן וְאֶת גְּבוּלָהּ". בכיבושים אלה נהרגו גם שאריות הענקים שנותרו בערי פלשתים (רד"ק יהושע יא כב).
נעיר כי המלבי"ם (ביהושע שם) מעמיק ומבאר כי הקב"ה השאיר בכוונה את מקצת מן הענקים בחיים בכדי לנסות בהם בהמשך את ישראל.