תשובת הרב יוסף שילר
לפי הכתוב ביהושע היו 2 שלבים בגורל (מלבד החלוקה לשבטי עבר הירדן)- הגורל של שבטי יהודה, אפרים ומנשה היה בגלגל, והגורל של שבעת השבטים היה בשילה. (להרחבה אפשר לעיין במאמרו של הרב איתן שנדורפי באתר: "היכן נערכה חלוקת הארץ וכמה זמן היא נמשכה?")
בגמרא (ב"ב קכב.) נאמר על סדר הגורל: "...הא כיצד, אלעזר מלובש אורים ותומים, ויהושע וכל ישראל עומדים לפניו, וקלפי של שבטים וקלפי של תחומין מונחין לפניו, והיה מכוין ברוח הקדש ואומר זבולן עולה תחום עכו עולה עמו, טרף בקלפי של שבטים ועלה בידו זבולן, טרף בקלפי של תחומין ועלה בידו תחום עכו, וחוזר ומכוין ברוח הקדש ואומר נפתלי עולה ותחום גינוסר עולה עמו, טרף בקלפי של שבטים ועלה בידו נפתלי, טרף בקלפי של תחומין ועלה בידו תחום גינוסר, וכן כל שבט ושבט...".
להבנתי אין ראיה מלשון הגמרא שהגורל נעשה כולו בפעם אחת, אלא שבכל פעם שנעשה גורל היו שם כל ישראל- בין בגלגל ובין בשילה. אי אפשר לומר שדברי הגמרא הם על השלב הראשון בלבד, שהרי הדוגמאות בגמרא הם של שבטי זבולון ונפתלי שקבלו נחלה רק בשלב השני.
לגבי הגלגל אין קושי לומר כך. מהתיאור בספר יהושע מוכח שלפחות בשלב הראשון של כיבוש הארץ כל עם ישראל נשאר במחנה בגלגל, ולאחר כל מלחמה חזר כל הצבא לשם, ומסתבר שכך עשו גם בהמשך הכיבוש. אמנם כשהגיע השלב השני של החלוקה בשילה, לשבטים שקבלו נחלה בשלב הראשון כבר היתה נחלה שיכלו לשבת בה. אם כן להסבר זה יש 3 אפשרויות: א. המחנה של כל עם ישראל עבר מהגלגל לשילה וכולם נשארו שם עד שהסתיימו כל הגורלות, למרות שלחלקם כבר היתה נחלה. ב. השבטים שקבלו נחלה בשלב הראשון כבר ישבו בנחלתם, אבל כשנעשה מעמד הגורל חזרו והתקבצו כלם בשילה. ג. הביטוי 'כל ישראל' אין כוונתו לכל העם ללא יוצא מן הכלל, אלא לנציגים של כל שבטי ישראל. כשנעשה מעמד הגורל באו לשם נציגים מהשבטים שכבר ישבו בנחלתם.
בתחילת פרק יח נאמר: " וַיִּקָּהֲלוּ כָּל-עֲדַת בְּנֵי-יִשְׂרָאֵל שִׁלֹה, וַיַּשְׁכִּינוּ שָׁם אֶת-אֹהֶל מוֹעֵד ". מהביטוי 'ויקהלו' אפשר לדייק שלפני כן לא היו כולם ביחד, ולכן נראה שהסבר הראשון אינו נכון.
נראה שההסבר השלישי הוא הנכון. שבטי עבר הירדן המזרחי התיישבו בנחלתם עוד לפני מעבר הירדן, ורק 40 אלף חלוצי הצבא מתוכם עברו את הירדן ובאו למלחמה. א"כ רוב הגברים (לפי המפקד שבפרשת פנחס) וכל הנשים והילדים של אותם שבטים לא היו בגלגל ובוודאי לא בשילה, ואינם נכללים בדברי הגמרא ש'כל ישראל' היו בגורל. וכן נראה מעוד מקומות בתנ"ך שהביטוי 'כל ישראל' נאמר גם על חלק גדול של העם ולא כולם.