תשובת הרב יוסף שילר
א. שאלה זו מובאת ב'יד רמה' על הגמרא. בפירוש 'חמרא וחיי' וכן ב'מרגליות הים' פירשו שנחמיה המוזכר באותו פסוק אינו נחמיה בן חכליה שבספר נחמיה. כשמדובר על נחמיה בן חכליה (שעל שמו ספר נחמיה) מוזכר גם התפקיד שלו- 'פחה' או 'התרשתא' וכאן אין לו תואר נוסף. אפשר לדייק כך מלשון הגמרא שציינה שזרובבל הוא 'נחמיה בן חכליה' ולא סתם 'נחמיה'. אמנם הרלב"ג בפירושו לפסוק אומר שזהו 'נחמיה התרשתא' כלומר נחמיה בן חכליה כפי שנקרא בפרק ח' ט'.
ב. לפי הכתוב בספר עזרא ונחמיה, זרובבל עלה לארץ בשנת אחת לכורש ונחמיה עלה בשנת 20 לארתחשסתא. לשיטת הגמרא שזרובבל הוא נחמיה צריך לומר שזרובבל חזר לפרס אחרי שעלה בפעם הראשונה ועלה שוב בשם אחר- נחמיה. מסתבר שזרובבל חזר בתקופה שבה נעצרה בניית המקדש- מתחילת מלכות אחשורוש. (בדומה לזה מסופר במדרש על מרדכי היהודי שעלה עם זרובבל וחזר כדי לנסות לסכל את הנסיון לעצור את הבנייה.) החלפת שמו של זרובבל לנחמיה מעידה כנראה על שינוי בשיטת הפעולה או בדרך ההנהגה שלו, שנדרשה בגלל השינויים שיצר המשבר של הפסקת הבנייה. זרובבל ידע לפעול באופנים שונים שהתאימו למציאויות שונות.
לפי הבנה זו אפשר לפרש את הפסוק על דרך הדרש, שגם בעלייה הראשונה שבה עלה בעיקר בתור 'זרובבל' ובדרך זו פעל והנהיג, פעל במקביל או במקרים מסוימים גם בתור 'נחמיה', וזו כוונת הפסוק שנחמיה עלה עם זרובבל.
ג. לשון הגמרא הוא: "...שלתיאל שנשאל על אלתו אל זרובבל שנזרע בבבל ומה שמו נחמיה בן חכליה שמו." נראה שדברי הגמרא אינם כפשוטם ואין הכוונה לומר שזהו אותו אדם בדיוק. כפי שזרובבל אינו שאלתיאל שהרי הוא בנו כך גם אינו נחמיה. הסגנון של הדרשה כזו על שמותיו של אדם מופיעה בכמה מקומות בגמרא כגון: "תנא הוא עתניאל הוא יעבץ ומה שמו יהודה אחי שמעון שמו עתניאל שענאו אל יעבץ שיעץ וריבץ תורה בישראל", "תנא הוא בעור הוא כושן רשעתים הוא לבן הארמי בעור שבא על בעיר כושן רשעתים דעבד שתי רשעיות בישראל... ומה שמו לבן הארמי שמו". בכמה דרשות כאלו הכרחי לומר שאינם כפשוטם כיוון שמדובר על אנשים מדורות שונים. ומהם נלמד גם לדרשה זו שאינה כפשוטה.
ניתן לפרש את דברי הגמרא בכך שיש זהות בין פעולותיהם של אותם אנשים. ובמקרה זה יש זהות בין זרובבל ונחמיה שהנהיגו את שבי ציון מבחינה מדינית.