קרבן העולה, כשמו כן הוא, עולה כולו על המזבח (חוץ מעור הבהמה), ומעלה את כל צדדי החיים אל הקודש. מצד אחד, עולת נדרים ונדבות, המבטאים את רצונו הטוב של האדם, ומצד שני, עולה הבאה על הרהורי הלב, המבטאים את עולמו הפנימי. כתב רבינו בחיי (ויקרא ו ב): "קרבן זה של עולה הוא הנכבד שבכל הקרבנות כולן, (אשר) הוסיף לומר 'היא העולה' (העולה על כולן) למעלת הקרבן וחשיבותו... גם פרי מעשיה גדול - שמכפרת על הרהור הלב…".
לפיכך קרבן העולה נראה שונה בתכלית מקרבן החטאת, שגם הוא כשמו כן הוא, בא בעקבות קלקוליו וחטאיו בשוגג של האדם, ועל כן, תמוה מאוד הדבר, שמקום שחיטתה של החטאת, הוא דווקא במקום שחיטתה של העולה, כנאמר בפרשתנו (ויקרא ו יח): "זאת תורת החטאת, במקום אשר תישחט העולה תישחט החטאת לפני ה', קודש קודשים היא".
זאת ועוד, שני קרבנות אלו הם קודש קודשים, ומקום שחיטתם הוא דווקא בצפון, כנאמר (משנה זבחים ה א): "איזהו מקומן של זבחים קודשי קודשים, שחיטתן בצפון..".
מה משמעות הדבר שדווקא שני קרבנות אלו - העולה והחטאת, הנראים שונים ואף הפוכים זה מזה, נקראו קודש קודשים, ומה מסמל דווקא צד 'צפון' בעניין זה?
הסבר מוסרי לדבר, מובא בדברי רבינו בחיי (שם, על פי סוטה לב ב), שסיבת הדבר שמקום שחיטת החטאת הוא במקומה של שחיטת העולה, היא על מנת לא לבייש את החוטאים בהביאם את קרבן החטאת, כי הרואים אותם מקריבים את קורבנם במקום העולה יחשבו שקרבן עולה בידם, המבטא את מעלתו של האדם, ולא קרבן חטאת המבטא את חסרונו.
הרב קוק העמיק לבאר את סוד הקשר בין קרבן העולה לקרבן החטאת מבחינה אמונית, בכך, שהצפון מסמל את הכח האלוקי החיובי, הקדוש והטהור, הצפון כמצפן בכל דבר ובכל אדם, כפי שבא לידי ביטוי בקרבן העולה העליון, אך גם ובעיקר, מסוגל להאיר גם את הקלקול והחיסרון, את הרע והמר, ולחשוף את הטוב האלוקי הגנוז בהם, כפי שבא לידי ביטוי דווקא בקרבן החטאת.
על כן שניהם-העולה והחטאת, נקראו-קודש קודשים, על שם הקודש הפנימי הגנוז בעומקם, ומובאים הם אל הקודש דווקא בצד הצפוני, אשר כלפי חוץ נראה ש'ממנו תיפתח הרעה', אך באמת בפנימיותו, נמצא המצפן האלוקי הצפון בקרבו. וכך כתב הרב (עולת ראיה א עמ' קסו-קסז, קע): "הוראת הצפון בביטויו על שם המצפון, ההסתר והטמירות. 'מה רב טובך אשר צפנת ליראך'. ויסוד העניין של קודשי קודשים הוא, שהם מכוונים לעומת האורות הגנוזים, העומדים למעלה מכל סדר של גילוי... על כן הם יכולים להמתיק את כל המרורות ואת כל הרעות שבגילוי צד הצפון שמשם יכולות הן לבוא בזעף ולהחשיך את אורות היקום והמציאות בכללותם. באה העבודה של קודש קודשים, להכין לכל, תוכן של קודש מיתוק ותיקון... ובתוך חביון המצפון, מונח כל הכוח של עלייתה הנפלאה אשר לנפש הבהמית, ואוצרות כוחותיה, המאוחדה עם נפש האדם וכוחותיו, בקשר שאיפת האדם להידבק בקדושה העליונה בהקרבתה לשם גבוה (כפי שבא לידי ביטוי בקרבן עולה, מחד)... (ומאידך ביחס לקרבן חטאת)-התבטלותו של הכח הבהמי, המטה את החיים לצד שפלותו, באה מתוך היסוד הגנוז במצפון ההויה, להביא את הכל למטרה הקדושה של אור ה' במקור החיים…"